１．デジタルカメラ＋QuickTimePlayer
一番手軽な方法だと思います。デジカメで写真を撮るのと同じ要領で人形を一コマずつ撮影していき、保存された画像をUSBケーブルやスマートメディアなどを使ってパソコンに取り込みます。
パソコンで取り込んだ静止画をQUICK TIMEなどのソフトを使って動画ファイルに変換します。一番手軽な方法だと思いますが、長い作品を作ろうとすると手間がかってちょっと大変です。また、インターネットなどパソコンの中だけで見られればいいやという場合は動画ファイルに変換せずにFLASHを使ってアニメーション用のファイルを作る方法もあります。
ちなみに、デジタルカメラは手動でピントと露出を合わせることができる機能があれば、市販されているほとんどのもの使うことが出来ると思います。
２．デジタルビデオカメラ＋コマ撮りソフト
デジタルビデオカメラを使ってパソコンとカメラをIEEEやアナログのビデオケーブルで接続します。カメラは人形を写すだけでビデオテープには録画しません。パソコン側でPREMIEREなどの動画の取り込み機能があるソフトウェアを使ってカメラにうつっている動画をモニターに表示しながら撮影をします。PREMIERE以外にもStop Motion Proなどの人形アニメーション用のソフトもあります。
ある程度性能のいいパソコンが必要だったり、ソフトに合ったキャプチャーボードの選定など、環境を構築するにはある程度のパソコンの知識と手間がかかりますが、一度構築すると撮影は効率的に行うことができます。カット数の多い作品を作る場合はこういった環境を用意したほうがいいと思います。
今はほとんどのデジタルカメラやコマ撮りソフトで画像サイズを選択することが可能になっています。
コマ撮りで撮影するときにどのモードで撮影すればいいのかという問題ですが、結論から言うと出来るだけ大きなサイズで撮影したほうが良いです。
理由の１つとして、下図のように出力するムービーのサイズが640×480の場合は、それよりも大きいサイズで撮影しておけば画像を縮小するだけで 済みますが、出力するムービーのほうがサイズが大きい場合は画像を拡大することになってしまい、全体的に画像がぼやけてしまいます。
また、作品を作ったときは640×480のサイズでよかったけど、後になってからもっと大きなサイズのムービーが必要になってしまったという場合に、 素材を640×480で撮影してしまっていると、拡大することになってしまい、最悪、撮り直しということになってしまいます。
理由の２つ目は、後で合成などのデジタル処理をする場合は、素材は出来るだけ大きいほうが加工がし易いという点です。また、編集時に『もう少しアップ にしたい』と思ったときにも編集ソフトで拡大するなど、融通が利きます。
ただし、素材の画像サイズが大きいということはデータ量も増えることになるので、使用するパソコンのデータ容量が小さかったり、長編を撮る場合は、あらかじめ 必要なデータ量を計算しておく必要があります。また、データ量が増えるということは編集時のパソコンへの負荷も増えるので、処理速度が遅くなります。 あまり性能が高くないパソコンを使う場合は、これらのことも考慮しておく必要があります。